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元治元年（1864年）4月京都。近藤勇（香取慎吾）率いる新選組隊士たちが、浪士取締りの御用改め（池田屋事件）に出動する。池田屋事件を耳にした坂本龍馬（江口洋介）は、近藤勇と初めて出会った10年前を思い起こしていた。

嘉永7年（1854年）。日本の開国を求めて来航したペリー提督率いるアメリカ艦隊。いわゆる“黒船来航”で世は混乱していた。

安政4年（1857年）。勇（香取慎吾）は、みつ（沢口靖子）と生まれ故郷の多摩に剣術の出稽古に出向く。ある日、盗賊退治に加わることになり、勇、歳三、みつの三人が滝本家に出向く。滝本家は裕福な農家で、嫡男・捨助（中村獅童）は勇の幼なじみだった。捨助は、金で雇った助っ人の剣客・永倉新八（山口智充）を勇たちに紹介する。その夜、永倉の加勢もあり、勇たちは一味を退治する。

安政5年（1858年）8月、勇（香取慎吾）は、江戸で再会した龍馬（江口洋介）と出会う。越前・福井藩士の橋本左内（山内圭哉）を自宅に招き、天下国家の話に大いに刺激される。薬の行商をしている歳三（山本耕史）は、詐欺まがいの道場破りで町道場に薬を売りつけていたのを相手に知られ、門人たちに袋叩きにされる。全身傷だらけで勇の前に現れた歳三は「強くなりたい。試衛館に入門させてくれ。俺は武士になりたい」と勇に頼み込む。

江戸城・桜田門外で、大老・井伊直弼が水戸浪士達に暗殺される。勇は現場に駆けつけたが、襲撃現場には無残な亡き骸が転がり、襲撃のすさまじさを物語っていた。

そこで自害し、変わり果てた広岡の姿を見つけた勇は言葉を失う。その勇の耳に、「尽忠報国の士、あっぱれなりっ」と叫ぶ芹沢鴨の声が響く。

安政7年（1860年）3月29日。27歳の勇（香取慎吾）と、武家の娘・松井つね（田畑智子）との婚礼の日がやってきた。大賑わいを見せるが、祝宴の最中に手傷を負った山口一（オダギリ ジョー）が逃げ込んで来た。

過去に、一は、勇からお金を借りて逃走を図った。しかし、追っ手の役人たちを交わし切れずに再び試衛館に舞い戻って来る。一をかくまうことを決意した勇は、桂の口添えもあり、何とかその場を切り抜けた。

追われている一を江戸から逃がすため、勇は水戸浪士・芹沢鴨（佐藤浩市）の元を訪ねる。

万延元年（1860年）9月30日、勇（香取慎吾）は、六所明神で奉納試合を行う。その帰り道、2人は永倉新八（山口智充）と再会。

新八は、米国公使の通訳・ヒュースケン（川平慈英）を暗殺する計画に巻き込まれ、報酬目当てで異人切りを引き受けたのだという。

勇は暗殺を阻止しようとヒュースケンに近づく。

文久元年（1861年）8月27日。勇（香取慎吾）の四代目襲名披露のために、六所明神で紅白に分かれて野試合を行う。

試合後の宴に、勇に直接祝いの言葉を伝えようと、坂本龍馬（江口洋介）が訪る。龍馬は勇に土佐勤王党の血判状を見せて、攘夷決行の行動を起こそうとしていることを告白。

外国人の命を奪おうという考えに賛成できない勇は、「相手も我々と同じ血の通った人間だ」と龍馬に翻意を迫る。やりとりを覗いていた捨助（中村獅童）が血判状を奪い険悪の事態に陥る。

歳三（山本耕史）は姉・のぶ（浅田美代子）の頼みで、しぶしぶ多摩まで見合いに行き、お琴（田丸麻紀）という娘を紹介される。結婚の意志はないと断言しつつ、色香に迷って抱いてしまう。

帰宅した勇は、客人の松本藩士・伊藤軍平衛（光石研）の頼みを聞き、高輪のエゲレス公使館へ土方家の石田散薬を売りにいく。

道中、尊王攘夷派から異人を守らねばいけない現状を嘆く軍兵衛。公使館に到着すると、軍兵衛は精神を病んでいると館の者が知らせる。薬が売れないとわかった勇らは仕方なく帰ろうとするが、イギリス兵から声をかけられる。

文久3年（1863年）勇は、街中で坂本龍馬（江口洋介）と再会。土佐藩を脱藩し、勝海舟（野田秀樹）に師事しているという龍馬は、勇たちを勝に引き合わせる。

勝の屋敷で、勇は佐久間象山（石坂浩二）とも再会。

勇は、勝と象山の先進的な話についていけない中、佐々木只三郎（伊原剛志）から「お主は武士ではない」とまで言い切られ、勇は己の立場に虚しさを募らせる。自分は武士だと信じる近藤は、主税助への直談判を決意する。

文久三年（1863年）正月17日、江戸。勇（香取慎吾）は山南（堺雅人）の仲介で、浪士組取締役の山岡鉄太郎（羽場裕一）を紹介される。

その足で、浪士組結成の献策をした清河八郎（白井晃）にも対面。勇は、清河に、涙ながらに浪士組への参加を要請される。勇も大いに感激する。

勇は「浪士組として上洛したい」と養父・周斎（田中邦衛）に膝詰談判し、その姿に胸を熱くした周斎は快諾する。

文久3年（1863年）2月、200名以上の浪士が上京を決めた。勇もその一人で、報告のため、養父・周斎（田中邦衛）の隠居所を訪ねる。

快く送り出そうとする周斎だが、養母のふで（野際陽子）は相変わらず厳しい言葉を浴びせる。なぜ、そうまでして…と問うふでに対して、勇は、武士以上に武士らしく生きることが自分の願いだからだ、と答える。
旅立ちを控え、ふでは近藤に自分の苦労した半生を初めて告白。「武士よりも武士らしくなって戻ってきなさい」と激励する。

文久3年（1863年）2月8日、江戸。浪士組が京都に向けて旅立つ日がやってかた。

浪士組の人事編成は、浪士組の提唱者、清河八郎（白井晃）が握っていた。あまりにも強い権力を持った清河。

このままではやりたい放題されてしまうと考えた佐々木只三郎（伊原剛志）は、清河が立案した東海道を通っての上洛行程を強引に中山道に変更してしまう。

文久3年（1863年）2月、京都へ向かう浪士組の先番宿割を担当していた勇（香取慎吾）は、意外な困難に立っていた。清河八郎（白井晃）の意向に反対する佐々木只三郎（伊原剛志）が、出発直前に経路を変更し、宿の確保が難航したから。

ようやく宿の確保ができたその夜、芹沢が宿場で巨大な焚き火を始め、宿場中が騒然。火事が起こりかねない状況の中、勇は芹沢と向き合い、事態を収めようと奮闘。燃え盛る炎の前で、勇は芹沢と対峙する。

文勇（香取慎吾）ら浪士組が京都に到着すると、長州などの尊攘浪士による木像の首晒しや幕府の権威の失墜が起こっていた。京都守護職の松平容保（筒井道隆）は、治安回復に苦慮していた。

勇や芹沢（佐藤浩市）たちは京都郊外の壬生にある八木源之丞（伊東四朗）邸に滞在。勇は八木家の家族に剣術を教えたり、のどかな時間を過ごす。

清河八郎（白井晃）の真意が「浪士組を朝廷のために働く兵にする」ことであることが明らかになり、幹部の佐々木只三郎（伊原剛志）たちは清河の思惑に従わず、浪士組全員で江戸へ帰ることを決定。

山南（堺雅人）からの情報で、浪士組の江戸帰還が決まったと知った歳三（山本耕史）は、京都に残って新たな浪士組を結成しようと勇に提案。

勇は芹沢鴨（佐藤浩市）に相談するが、芹沢は協力を拒否。しかし、清河が浪士組を集めて江戸帰還を宣言すると、芹沢も勇たちと共に京都に残ることを決める。

清河八郎（白井晃）率いる浪士組は、江戸への帰還が前提だったため、江戸への出発を幕府に阻まる。

浪士組が身動きが取れない隙に、歳三（山本耕史）ら試衛館の仲間が、新たな浪士組を結成しようとしていた。かつての山口一（オダギリ ジョー）も偶然再会し、勇に誘われて浪士組に参加した。

一方、勇たちが寄宿している八木家では、「壬生浪士組」という看板が掲げられ、勇たちが幕府の預かりではなくなるため、生活費の面倒まで見ることになり険悪なムードに…

文久3年（1863年）3月京都。勇（香取慎吾）や芹沢（佐藤浩市）らは、会津藩主・松平容保（筒井道隆）に会い、励ましの言葉をかけられました。会津藩側からは「勇たちが身を寄せる壬生の地に伝わる“壬生狂言”を一緒に鑑賞して親睦を深めたい」との提案があり、八木家の当主・源之丞（伊東四朗）が狂言を披露することに。

順風満帆の船出かと思われた浪士組でしたが、早くも問題を抱えることに。浪士組の正式名や組長の選定で、試衛館の面々と芹沢一派、根岸友山（奥村公延）一派が主導権を争いを勃発。

八木邸にやってきた龍馬。龍馬は勇に「日本の未来のために海軍が不可欠」だと力強く語る。

一方、京都の町では、長州の久坂玄瑞（池内博之演じる）らが、幕府を揶揄する“数え歌”を教え、庶民の間で人気を集めている。

これに激怒した京都守護職の松平容保（筒井道隆演じる）は、浪士組に立て札の撤去を命じる。

堺雅人演じる山南は言う。「立て札の撤去は長州との敵対を意味する」と。

勇は、覚悟を決めて芹沢らと共に出動する決意を固めた。

勇（香取慎吾）らが世話になっている八木家では、姑の久（正司歌江）が、息を引き取った。臨終を前に左之助（山本太郎）が呼ばれた。久が唯一心を許したのが原田左之助であった。久は、左之助に見守られながら安らかに息を引き取る。

その翌朝、文久3年（1863年）4月8日。勇（香取慎吾）の申し出により、久の葬儀一切を浪士組で取り仕切ることになった。

香取慎吾演じる勇たち浪士組。大坂沖へ向かう将軍警護の任務を受ける。その機会に、佐藤浩市演じる芹沢の提案で、揃いの羽織を新調することに。

勇の意見では、赤穂浪士の討ち入り装束と同じ“だんだら模様”に。色は鈴木京香演じるお梅の意見を取り入れて浅葱色に決定。

大坂では、江口洋介演じる龍馬が勇の宿を訪れ「佐々木只三郎（伊原剛志演じる）によって清河八郎（白井晃演じる）が江戸で暗殺された」と話す。

将軍が、江戸に戻ることになりったことで、京に残る理由を失った浪士組の勇（香取慎吾）たち。しかし、歳三（山本耕史）は京に残り、浪士組を拡大することを提案。

そこで勇は、「将軍にしばらく京に留まってほしい」という嘆願書を山南（堺雅人）の助けを借りて作成。嘆願書を読んだ松平容保（筒井道隆）は、自らの“志”―自分がなぜ京に留まるのかを語り、勇たちに今後も協力してほしいと頼む。

勇は容保の言葉に感動し、京に残ることを決意する。

勇たちは、八木家への恩返しをかね、壬生で相撲の興行を行う。

資金集めのため、試衛館の面々はみやげ物の販売や客の呼び込みに奮闘。しかし、総司（藤原竜也）だけは芹沢と一緒に傍観する。

興行は大成功し、勇は容保の信頼を一層深めた。しかし、芹沢は浪士組内での信頼が低下していくことにいら立ち、再び騒動を引き起こしていく。

文久3年（1863年）8月18日、会津藩と薩摩藩は、長州兵の禁裏警護からの締め出しを決行する。

その頃、浪士組は松平容保（筒井道隆）から要請を受け、武装して壬生の屯所で待機。しかし会津藩からの出動命令がでない。

湯治から戻った芹沢も戦闘の準備をして待機しますが命令がでず、とうとう我慢の限界に達し、出動命令を待たずに出陣してしまう。

会津藩は、芹沢（佐藤浩市）暗殺を考える。土方は、芹沢を追い詰めるため、隊の規律を制定する。

土方らは、まず芹沢の仲間から切り離す方針を立てて、新見錦（相島一之）を呼び出し、芹沢を裏切らせるよう誘導、罠にはめる。

策略にはまった新見は、自らも認めた法律の「士道に背くまじきこと」を盾にされ、その場で切腹に追い込まれる。

勇（香取慎吾）は、歳三（山本耕史）と山南（堺雅人）から、留守中に新見（相島一之）が切腹させられたと聞き、怒りを表す。

「仲間を罠にかけたお前は許せない」と問い詰める勇に、歳三は「お前がそう言うなら腹を切る」と決然と返答。

歳三の覚悟を知った勇は、芹沢（佐藤浩市）を排除する決心を固める。

つね（田畑智子）のもとに、近藤（香取慎吾）からの手紙が届く。そこには、新選組の局長となった近藤らの活躍が書かれていた。

京都守護職・容保（筒井道隆）の後ろ盾を得た新選組。武田観柳斎（八嶋智人）や山崎烝（桂吉弥）、谷三十郎（まいど豊）など新たな隊士を加え、大所帯になった。

一方、新選組の大坂での活動を面白く思わない大坂町奉行の内山彦次郎（ささきいさお）との溝が深まる。歳三（山本耕史）は山崎を使って内山の悪行を調べさせる。

新選組の名声が高まる中、武田観柳斎（八嶋智人）は、浪士の怪しい動きを追っていた。そんなとき、商家の土蔵で多量の武器弾薬を見つける。

危険な臭いを感じた歳三（山本耕史）は、厳しい取調べを行い、主人が口を割る。

主人が話した計画は、京の街に火を放ち、混乱を乗じて会津藩主・松平容保（筒井道隆）を討ち、帝を長州へ連れ去ろうという、とんでもない計画だった。

近藤（香取慎吾）は、京に火を放とうとする宮部（四方堂亘）らの捕縛を決意した。

その夜、祗園の町会所に集結した新選組。近藤と土方（山本耕史）の二手に分かれ、宮部らの潜伏先の探索を開始。京都中の旅館を捜索した近藤ら10名の隊士は、池田屋でついに宮部ら不逞浪士を発見。河原町三条の池田屋で激しい戦闘が始まる。

勇たちは奮闘するが、平助（中村勘太郎）が額を割り、総司（藤原竜也）が吐血して倒れてしまう。

池田屋事件後、長州が、京の街に攻め込む準備を始めていた。勇（香取慎吾）は、佐久間象山（石坂浩二）と共に松平容保（筒井道隆）に招かれ、意見を求められる。その帰り道、象山は、捨助（中村獅童）の目の前で、河上彦斎（高杉亘）に斬られてしまう。

一方、桂小五郎（石黒賢）は、藩士の過激な行動を止めようと動いていた。しかし、久坂玄瑞（池内博之）らは聞き入れず、幕府との衝突が避けられなくなっていく。

池田屋での働きに、ご公儀から恩賞金が与えられることになった。

恩賞金の分配について議論が起こり、歳三（山本耕史）の提案で戦いぶりに応じて分け前が決まる。

しかし、このやり方で隊内に禍根が発生。永倉（山口智充）は勇に直談判し、歳三のやり方を批判する。新しい体制の発表で永倉の不満は爆発。

その中で、歳三が芹沢殺しの真犯人が自分たちだと告白し、勇にも自分を欺いていたことがわかり、永倉は激怒して隊を脱退。島田（照英）も永倉に続き席を立つ。

永倉らは容保（筒井道隆）に建白書を提出し、新選組を正すために命を捧げる決意を訴えますが、容保はある人物との面会を提案する。

勇（香取慎吾）は、松平容保（筒井道隆）の命で、永倉（山口智充）らを連れて江戸へ向かう。江戸に到着した勇は試衛館を訪れ、かつての仲間たちと再会する。

一方、勇不在の京では、山南（堺雅人）が、新選組の勢力拡大を急ぎすぎる土方（山本耕史）への不信感を募らせていた。

坂本（江口洋介）と会った山南は、坂本の自由な考え方に魅せられ、変わり果てた新選組と、ふがいない自分に嫌悪感を抱く。同じころ土方は永倉の反乱の決着をつけるため、近藤批判の建白書を書いた葛山（平畠啓史）に切腹を言い渡していた。

江戸から京に戻った勇（香取慎吾）。自分の留守中に隊士を切腹させてしまった歳三（山本耕史）を強く責める。歳三の強引なやり方に、山南（堺雅人）や永倉（山口智充）らも不満を募らせていた。

新選組の中に居場所を失っていた山南。歳三に、江戸に戻ってもう一度己の進むべき道を考えたいと話すが、拒否される。歳三には、伊東に対抗するためには山南が必要との思いがあった。

そんな思いも知らず、隊の脱退覚悟を決めた山南。恋人の明里（鈴木砂羽）を連れて京の街から姿を消す。

勇（香取慎吾）の指示により、総司（藤原竜也）は脱走した山南（堺雅人）を追う。出発前、勇は総司に「草津まで見つからなければ深追いするな」と伝えるが、総司は追いついてしまう。

総司の姿を見て、山南は運命を受け入れる。

京に戻った山南に勇は切腹を命るが、永倉（山口智充）や原田（山本太郎）、源之丞（伊東四朗）らは山南の助命を求める。しかし、歳三は法度に従い山南に切腹を求めた。

永倉と原田は山南を逃がそうとするが、山南は拒否。新選組の未来を二人に託す。そして、無情にも切腹の時が訪れる。

勇（香取慎吾）は、深雪太夫＝お幸（優香）の身請けを決意した。

決意の中、偶然、勇の妻・つね（田畑智子）と総司（藤原竜也）の姉・みつ（沢口靖子）が、京都へやって来る。ふたりは新選組の屯所を訪ね、永倉や左之助（山本太郎）などと再会を喜び合った。

しかし、勇は思いもよらぬ訪問者に驚く。身請けを決意していたので当然である。当然、つねたちに「お幸」の存在を知られてしまう。源三郎（小林隆）や歳三は、勇とお幸のことをなんとかごまかそうとする。

新選組は、八木邸を去り、西本願寺に屯所を移す。勇は、お幸（優香）のために別宅を構え引っ越しをすることに。

最中、永倉（山口智充）がやって来て、おその（小西美帆）を大阪から招くと告げる。その話に触発された左之助（山本太郎）は、まさ（はしのえみ）に何度も告白する。

一方で、京では坂本龍馬（江口洋介）らが、長州藩と薩摩藩を結びつけるために動き始めていた。

新選組内で、参謀の伊東甲子太郎（谷原章介）が、平助（中村勘太郎）を引き戻そうとする。新選組内で、派閥が形成されようとしていた。

ある夜、祗園界隈で火災が起こり、新選組はただちに出動する。が、見廻組とかち合ってしまい、どちらが指揮を執るかでもめる。

一方、薩長同盟に向け動く坂本（江口洋介）は、西郷（宇梶剛士）に、薩長同盟締結後に、薩摩の武器と長州の米を交換する「ビジネス」を提案する。

下関では、薩摩藩と長州藩が手を結ぶかどうかの会談が行われる。しかし、薩摩の西郷（宇梶剛士）が桂（石黒賢）の前に姿を現さず、桂が激怒してしまう。

新撰組は、会津藩から坂本龍馬捕縛の命を受け、勇は伏見の寺田屋を御用改めに出陣。しかし、女将・お登勢（戸田恵子）の機転で阻まれてしまう。

薩長同盟が締結された直後より、幕府側に頻繁に命を狙われはじめる坂本（江口洋介）。

捨助の導きで、龍馬（江口洋介）は寺田屋に潜伏するが、伏見奉行所の捕り方に襲撃される。しかし、おりょう（麻生久美子）の機転で難を逃れる。

そんな中、武田（八嶋智人）が軍学書を買うため、勘定方の河合（大倉孝二）から50両貸りる。河合が渋々貸した50両で軍学書を購入する武田。だが、同じ軍学書を手に入れようとしていて先を越された土方は、金の出どころを不審に思い、帳簿を調査。河合に公金の不足を指摘する。

河合は武田のことは黙ったまま、実家からの送金で10日以内に埋め合わせることを約束する。しかし、送金のないまま約束の10日が過ぎ、土方も不本意ながら河合に切腹を言い渡す。

薩摩・霧島では、寺田屋遭難で傷ついた龍馬（江口洋介）が恋人のおりょう（麻生久美子）と癒しの時を過ごしていた。

一方、新選組では、左之助（山本太郎）がまさ（はしのえみ）と結婚し、仲間たちに祝福される。歳三（山本耕史）と永倉（山口智充）の関係も和解し、和やかなひとときを過ごしていた。

そのころ江戸では将軍家茂が逝去。幕府を揺るがす事態が発生していた。

慶応二年（1866）、孝明帝（中村福助）が崩御。勇（香取慎吾）や松平容保（筒井道隆）は悲しみに包まれた。

容保や幕府にとって支えとなっていた孝明帝の死は、幕府の未来に暗い影を落とす出来事だった。

一方、新選組の内部では、伊東甲子太郎（谷原章介）が離脱を決意。勇は無駄な血を流さずに済む道を選び、伊東の新選組離脱を受け入れる。平助は悩み続け、甲子太郎一派に運命を委ねる。

新選組の働きが幕府に認められ、隊士たちは幕府直参に取り立てられた。近藤（香取慎吾 ）と土方（山本耕史）は、江戸以来の苦労が報われたと、抱き合って喜ぶ。

一方で、新選組を離れた4人の若手隊士たちは、行き先をなくし絶望。会津藩に直訴しますが認められす、切腹してしまう。

この一件でさらに風当たりを強めた観柳斎は、新選組をそのまま脱走。西郷（宇梶剛士）に薩摩の軍師として雇ってもらえないかと頼み込む。

慶応3年10月14日（1867年11月9日）江戸幕府第15代将軍・徳川慶喜は、二条城で大政奉還を行った。

裏で糸を引いていたのが坂本（江口洋介）であることを知り、見廻組の佐々木（伊原剛志）は「坂本を斬らねば収まらぬ」といきまく。

薩摩からの密告により、近江屋に潜んでいる龍馬は見廻組の佐々木らに襲撃される。勇の指示で、左之助（山本太郎）と永倉（山口智充）が龍馬を護衛するために駆けつけるが、時、既に遅し。

薩摩の大久保（保村大和）は、岩倉の信用を得るために「近藤勇を斬れ」と元新選組参謀、伊東甲子太郎（谷原章介）に迫る。

伊東は勇を暗殺しようとするが、斎藤（オダギリ ジョー）により、新選組に察知されてしまう。

伊東は勇との和解を試みるため、平助（中村勘太郎）を使者として新選組に向かう。最初は勇を殺すつもりだった伊東。しかし話し合いによって和解する。

帰り道、伊藤は大石鍬次郎（根本慎太郎）らの襲撃で命を落とした。御陵衛士は、伊東の遺体を引き取るために現れ新選組と激しい戦いを繰り広げる。その中には、平助の姿があった。

薩長の動きを防ぐため、徳川幕府は大政奉還を行った。しかし、薩長が朝廷を動かして王政復古の大号令を発したため、逆に徳川方は窮地に立たされる。京都は完全に薩摩によって制圧され、松平容保（筒井道隆）の会津藩と、近藤（香取慎吾）の新選組は孤立する。

二条城へ登城した勇。徳川慶喜（今井朋彦）に意見を求めらる。佐々木只三郎（伊原剛志）との主張が激しくぶつかり合いますが、慶喜は京都を離れて大坂城に入ることを決意。

一方、薩摩の大久保（保村大和）は、目障りな新選組を始末すべく、御陵衛士の残党に近藤の暗殺を仕掛けていた。

御陵衛士の残党に襲撃を受けた勇（香取慎吾）。治療を受けるため大阪城へ向かう。

大坂城に入った勇は、永井尚志（佐藤Ｂ作）から、薩長との戦が避けられない状況になったことを知らさる。後日、鳥羽伏見の戦いが勃発した。

鳥羽伏見の戦いでは、剣豪揃いの新選組も、薩長軍の砲弾の前では歯が立たず、後退を余儀なくされる。さらに、錦の御旗によって幕府軍は逆賊にされてしまう。

降り注ぐ銃弾の雨。身動き取れなくなった周平を守るため、源三郎は、単身、薩長軍の前に立ちはだかる。

錦の御旗により、幕府軍は敗北した。勇（香取慎吾）は、戦場で銃弾を受けて大坂城に運び込まれた佐々木（伊原剛志）と対面する。佐々木は徳川の命運を勇に託し、息絶える。

新選組は、態勢を立て直すために大坂城へ。土方らと合流した近藤は、慶喜（今井朋彦）に続いて戦力の立て直しをはかるため江戸に帰還。その船中、近藤は、軍艦奉行・榎本（草なぎ剛）と遭遇する。

謹慎のため江戸城を去った慶喜（今井朋彦）。勇（香取慎吾）ら新選組には、江戸で官軍を迎え撃とうと期待が集まっていた。

しかし、江戸を戦火にさらしたくない勝海舟（野田秀樹）は、新選組に甲府への出陣命を出す。甲府勝沼へ進軍する。

勇らが勝沼に進軍した頃には、官軍に甲府城を占拠されていた。敵の攻撃に手も足も出ない中、勇は“刀の時代の終わり”を実感する。

西郷吉之助（宇梶剛士）は、江戸への総攻撃に備えていたが、勝海舟（野田秀樹）は江戸城を無血開城することで降伏した。

勝海舟は、勇（香取慎吾）ら新選組に流山に移動するよう命令。さらに、新政府軍の探索の目を逃れるため、勇は“大久保大和”、歳三（山本耕史）は“内藤隼人”と名乗り、新たに隊士を募って態勢の立て直しを図っていた。

一方、流山に駐屯する勇たちを怪しんだ新政府軍は、薩摩の有馬藤太（古田新太）を派遣して内情を探らせる。有馬の武装解除要請を受け容れてみせることで一件落着かと思われたが、新政府軍の中に「京で勇の姿を見た」と言う者が現れ、取り調べを受けるために勇は新政府軍に出頭する。

長州ら新政府軍に捕らえられた勇（香取慎吾）は、板橋宿に移された。坂本龍馬暗殺への関与や甲陽鎮撫隊の一部始終を取調べされる。

勇は、龍馬暗殺への関与を否定。さらに、甲陽鎮撫隊は独断で率いたと話し、勝海舟（野田秀樹）の名前を口にせず一身に責任を被る。

その結果、勇は切腹ではなく斬首と決まり、その首は京の三条河原にさらされることになる。それは、勇が武士として最期を遂げることを許されず、罪人として処罰されることを意味していた。